Compartimentul este consacrat culturii materiale a secolelor XIII-XVI, care reprezintă perioada constituirii și evoluției statului medieval Moldova. Circuitul expozițional debutează cu o serie de obiecte provenite de la Costești, oraș medieval al Hoardei de Aur, ce a existat câteva decenii la mijlocul secolului XIV, ca centru meșteșugăresc și comercial, cu populație eterogenă adusă de tătaro-mongoli din alte zone.
Un spațiu amplu este rezervat vestigiilor arheologice descoperite la Orheiul Vechi, dintre care menționăm podoabe, ceramică de lux, ceramică uzuală, arhitecturală, monede, care confirmă caracterul urban al așezării și prosperitatea acestui oraș. Un alt grup de piese de patrimoniu reflectă „epoca de tranziție" și perioada moldovenească a Orheiului Vechi. Intensa viață comercială a Ţării Moldovei este reprezentată de un șir de descoperiri monetare. Menționăm depozitul de lingouri-sommi de argint din sec. al XIV-lea, găsit la Orheiul Vechi, tezaurele monetare provenite de la Chișinău și Criuleni, (sec. XVI-XVII), care atestă o mare varietate de emisiuni monetare.
Lupta pentru apărarea ființei naționale a statului medieval a constituit o permanentă preocupare în perioada evului mediu. Faptele de luptă ale lui Ştefan cel Mare au dus faima domnitorului în întreaga Europă. Despre aceste momente de glorie vin să ne amintească colecția de arme și echipament militar din expoziție: zale, coif, spadă, arbaletă, halebardă. Din această colecție fac parte și tunurile de la Orheiul Vechi, datate cu sec. XV, exponate unicat pentru spațiul pruto-nistrean.
În secolul al XVIII-lea teritoriul Moldovei se transformă într-o arenă a războaielor ruso-turce. Acele timpuri și evenimente sunt scoase în evidență prin colecția de arme albe și de foc, echipament militar, medalii și hărți.
Ultimul segment al compartimentului dat este consacrat culturii spirituale, care este ilustrată printr-o serie de cărți religioase, icoane, cruci, vestigii arheologice provenite de la mănăstirea Căpiana, tipărituri cu caracter laic, precum și obiecte de epocă.